يحاول الأستاذ يعقوب محمد إسحاق في مقالاته أن يجتهد لإصلاح الفكر الديني السائد في المجتمع، وقد صدر له كتابان في هذا الشأن؛ الكتاب الأول تحت عنوان: (إصلاح الفكر الديني أولاً) وناقش فيه ثلاثة محاور عن الشورى وحقوق المرأة ومعالجة بعض الأفكار السائدة التي تحتاج إلى تقويم -على حد رأيه- أما الكتاب الثاني فجاء تحت عنوان: (تقويم الفكر الديني المتمرد على الإسلام) تناول فيها ثلاث قضايا، عن القضاء، وهيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، وهموم فكرية دينية عامة.
